목포자연사박물관은 전국에서 가장 성공한 박물관으로 거듭나기 위하여 2006년을 알차게 준비하고 있다. 벌써부터 2006년도 국립민속박물관에서 주관하는 교육프로그램 공모전 사업에 제출한 프로그램이 선정되어 2백5십만원을 지원받아 준비 중이고 2006년 첫 번째 특별기획전으로 “곤충의세계로(What a Wonderful Insects World!)”가 대규모로 다양한 볼거리를 갖추어 1월 25일부터 오픈될 예정이다.

아울러 올해에는 분수가 있는 연못과 생태 휴식공간조성뿐만 아니라 현재 박물관 영상실에서 상영중인 현장감 넘치는 3D입체영상 서비스 외에 카페테리아 공간을 개편하여 4D입체영상을 시설, 상영하므로써 2005년과는 한 차원 업그레이드된 모습으로 변모되어 다시 찾고 싶은 자연사박물관이 될 것이다.

또한 지난해부터 역점을 두고 추진해왔던 전국 중고등학교 수학여행단 유치에 역량을 집중하고, 우리지역의 보고인 갯벌생물을 이용한 생태체험학습실시 등 청소년을 위한 다양한 체험형 교육프로그램을 개발하여 “체류형 학술관광지로 조성”할 계획이다.

우리지역의 관광명소로 자리 잡은 목포자연사박물관은 개관이후 1년 남짓한 시간동안 전국에서 90여만 명의 관람객들이 찾아와 운영측면에서도 전국박물관관계자 및 지역주민들로부터 성공적 이라는 평을 듣고 있다.

그리고 국가 중앙부처의 각종 공모전에 응모하여 선정된 박물관의 교육 및 주요사업을 추진하여 자체예산절감 효과는 물론 더욱 내실 있다고 평가 받고 있는데 이는 전 직원이 늘 새로운 박물관이 되도록 부단한 노력을 기울이고 있는 결과로 평가한다.