사단법인 한국박물관협회(회장 김종규)에서 전국 박물관중 내부컨텐츠가 우수하고 가장 짧은 기간에 성공한 박물관으로 공인평가되어 국내최고의 자연사박물관으로써 성공적인 박물관 운영에 따른 공로를 인정받아 2006. 5. 22 제 9회 전국박물관인 대회 시상식에서 김평규 목포자연사박물관장이 문화관광부장관상을 수상한다.

  그동안 전국 어린이와 청소년들이 자연사를 보고, 배우고, 체험하는 산 교육·체험 학습장의 요람으로서 3,000여 평의 전시공간에 5만여 점의 유물을 소장, 전시하는 목포자연사박물관은 국내 최고의 자연사박물관으로서 자연사와 서남해안의 지역문화 예술사를 한곳에 전시하여 자연생태학습과 인간 문화예술을 동시에 향유하는 평생학습의 장으로서 역할을 하고 있으며 지역청소년들의 현장체험학습과 전국수학여행단을 비롯한 많은 외지관광객을 유치하여 왔다.

  앞으로도 목포자연사박물관은 자연사관벽면이미지 영상, 경관조명시설과 4D시뮬레이터 및 연못분수대조형물 등을 설치한 생태체험복합형 휴식공간을 조성하여 시민은 물론 외지 관광객을 체류시켜 야간에도 새롭고 특색있게 관광할 수 있는 문화공간을 제공하게 될 것으로 기대한다.